La estructura de los Magistrados Esmeralda es jerárquica y disciplinada:
Campeón Esmeralda: Es la cabeza de los Magistrados Esmeralda, nombrado directamente por el Emperador. Este líder tiene la responsabilidad de supervisar la administración de la justicia en todo el Imperio y de dirigir a los magistrados en sus misiones. El Campeón Esmeralda es una figura de autoridad inmensa y suele ser un samurái de gran sabiduría y habilidad.
Magistrados Esmeralda: Estos son los agentes que realizan la labor de campo. Operan en toda Rokugan, investigando crímenes, mediando en disputas entre clanes, y asegurando que la voluntad del Emperador se cumpla. Tienen la capacidad de emitir juicios y castigos, y su palabra tiene un peso significativo en asuntos legales. Aunque tienen poder considerable, están obligados a actuar con justicia y honor.
Yoriki (Asistentes): Cada magistrado puede contar con uno o varios yoriki, samuráis que les asisten en sus misiones. Estos yoriki pueden ser jóvenes samuráis en entrenamiento o guerreros veteranos que sirven como segundos al mando. Son esenciales para la efectividad de los magistrados, ayudándoles en investigaciones, protegiéndolos, y realizando tareas secundarias.
Doshin (Agentes Menores): Los doshin son agentes de rango más bajo que asisten a los magistrados y yoriki en tareas más básicas. Son responsables de mantener el orden en áreas específicas, patrullando ciudades y pueblos, y manejando asuntos menores antes de que lleguen a los magistrados.