Jumel est une grande région au condition de vie variables. Les humains commencent depuis quelques années à y installer leurs villes et villages, se confrontant aux puissants pokémon de la région.
La cohabitation reste possible en certains lieux, où humains et pokémon vivent en harmonie. Cependant ces lieux sont aussi les cibles d'humains voulant pouvoir instaurer leurs pouvoirs sur les habitants et leurs compagnons.
Dans cette époque où la région naturelle de Jumel cherche sa place dans le monde qui se profil, des problèmes plus profond grouilles dans les racines de la forêt. Des disparitions d'humains, de pokémon. C'est dans ce théâtre instable qu'un groupe de jeune pokémon va se retrouver plonger dans une histoire qui les dépassent et pourraient bien décider de l'avenir de leurs régions.