La magistratura è il ramo giudiziario di Waterdeep. La funzionalità principale è investigare i crimini commessi e passare sentenze (i crimini normali vengono interamente gestiti dalla Guardia Cittadina, gli Investigatori intervengono solo in questioni importanti).
Al comando c'è il Magistro e Ispettore Capo che ha a sua disposizione Magistrati (i quali interpretano la legge e passano sentenze) e Investigatori (che raccolgono prove e arrestano i sospetti).