Los shugenja son los sacerdotes y escribas de Rokugán, así como los enviados de las fortunas y los kami y los guardianes de los secretos de sus clanes.
Son capaces de crear poderosos conjuros ofreciendo plegarias que se escriben en unos pergaminos llamados ofuda.
La magia de los shugenja se extrae de uno de los cinco elementos: Fuego, Aire, Agua, Tierra y Vacío. Excepciones notables son la familia Agasha, conocida por haber desarrollado un método para utilizar más de un elemento en un mismo conjuro, y algunos miembros del clan Mantis, capaces de aprovechar el poder del trueno. Todos los Grandes Clanes tienen al menos una familia que entrena a shugenja.