Cada uno de los Grandes Clanes de Rokugán tiene un Estandarte Ancestral, una bandera o estandarte blasonado con el mon del clan y otra simbología que evoca su historia y filosofía. Al igual que El Estandarte Imperial, los Estandartes Ancestrales sirven como puntos de reunión en la batalla, proporcionando inspiración a las tropas y aliados del clan y marcando la ubicación del comandante del ejército (normalmente el Campeón del Clan, aunque no siempre). Como su nombre indica, los Estandartes Ancestrales suelen ser bastante antiguos, y en algunos casos se remontan a la fundación del Imperio. La magia que los impregna tiende a protegerlos del desgaste de la edad, aunque ninguno es tan prístino como el Estandarte Imperial.
Todos los Estandartes de Clanes Ancestrales comparten algunas características únicas. Por lo general, todos son estandartes montados en mástiles en forma de T o de L invertida, lo que les permite permanecer desplegados y visibles en todo momento. El general de un ejército de clan que lleve el Estandarte Ancestral del Clan puede sumar +5 a cualquier Tirada de Batalla (Combate a Gran Escala)/Percepción realizada para determinar el vencedor en un Turno de Batalla. También gana +1g1 a cualquier otro uso de la Habilidad de Batalla. Al igual que ocurre con el Estandarte Imperial, un Estandarte Ancestral requiere un portaestandarte específico para sostenerlo y mostrarlo en el campo de batalla; éste es invariablemente un samurái del clan del Estandarte, y sería extremadamente inusual que un samurái que no pertenezca al clan llevara o tocara el Estandarte Ancestral de un clan. Al igual que ocurre con el Estandarte Imperial, este nombramiento es prestigioso y dará lugar a ganancias de Gloria y Estatus (aunque no necesariamente tantas), así como a una ganancia de Honor para un samurái de Rango de Honor inferior. De nuevo, un samurái que pierda el Estandarte Ancestral de su clan a manos de un enemigo (y sobreviva al fracaso) puede esperar perder mucho en las tres categorías. Por último, los Estandartes Ancestrales de Clan suelen ser tan voluminosos como el Estandarte Imperial, y se considera que cualquiera que los lleve tiene un Anillo de Agua que es 1 Rango inferior a efectos de movimiento, sólo puede luchar con una mano y tiene una penalización de +5 a todos los NOs de tiradas físicas.