Dans l’ombre des Ecclesia Majoris se tiennent toutes une myriade de confrérie, secte et cultes divers jugés bien souvent comme hérétiques. Les plus emblématiques de ces ordres religieux sont appelées Ecclesia Minoris. Autoproclamées églises, ces croyances héritées d’un tout autre temps prônent des valeurs diverses souvent en lien avec héritage des Immortels.
Ces ordres religieux cherchent à prospérer au milieu du chaos et de la désolation laissés par la IIIe Ère, leurs deux plus grands exemples visibles étant l’Ecclesia Angelorum et l’Ecclesia Inferni. Peu organisées et disposant rarement de véritables infrastructures, les Ecclesia Minoris aspirent à s’élever par le nombre de leurs adeptes plutôt que par la confrontation avec les Majoris.
On retrouve les Ecclesia Minoris disséminées partout sur Anathem, là où les églises traditionnels ont abandonnées les populations par désintérêt ou par manque de moyens. C’est sur les décombres de promesses abandonnées que prospèrent les fidèles des Minoris.